从16世纪开始，高山族多次遭受外国侵略。先后有荷兰、西班牙、日本等侵略台湾，高山族人民给予了坚决抵抗，开展了英勇顽强，不屈不挠的斗争。

明朝中叶起，随着走私贸易的发展，台澎地区成为走私集团的根据地，而大陆渔民也经常到台湾海峡捕鱼，其中一部分人定居台澎地区，成为当地的居民。

嘉靖、万历年间，走私集团已经在台湾开辟了淡水、鸡笼两处较大城镇。

淡水位于台湾新北市西北沿海的淡水河出海口，是东南亚海陆的中途站，大屯山又是极好的航途指针，昔日有“东方威尼斯”之称。

历史上曾经是台湾第一大港，后因河道日渐淤浅、大型船舶出入不便，被基隆港所取代。二战后，更是沦为小渔港。

明代时期的“淡水”不仅指淡水河口与淡水港，还包含整个台湾北部。

鸡笼因山形似鸡笼而得名。光绪元年，鸡笼改为基隆，寓意“基地昌隆”。基隆港是仅次于高雄港的第二大港。

1626年，西班牙殖民者入侵基隆。1642年被荷兰殖民者所取代，荷兰人将“圣萨尔瓦多城”改名为“北荷兰”。

基隆有街市始于1723年，1851年开始与外国通商，1860年天津条约签订后，正式辟为商埠。

万历45年，明朝水师军官赵秉鉴在台湾台南筑造赤勘城，代表着大明朝廷的管辖权已正式触及台湾岛。

天启4年，颜思齐率部以台湾魍港为基地，筑寨定居，开始拓垦台湾的大业。

天启年间，汉族移民已遍布台湾各地，从事渔业、农业和商业活动，成为台湾岛的常住居民。

魍港又称北港、笨港，是台湾汉族移民最先到达、开拓的地区，是汉族移民在台湾最早发展的港口城镇之一。

魍港位于台湾西部嘉义、云林之间的北港溪北港镇一带。

明末时一度是海商、渔民来往台湾、澎湖列岛、浙闽地区的重要港口，是一个繁忙的海上贸易与海盗活动的区域。

荷兰殖民时期，前往大陆的船只先沿海岸线往北航行到接近魍港，才转向澎湖航行，以避免漂往南方，所以魍港在东北风季节时是往澎湖必经的航道。