兄弟为了寻找神秘的贤者之石而展开旅程。哥哥爱德华15岁,是有史以来最年少得到国家錬金术师的资格的天才的錬金术师；弟弟阿尔丰斯虽然拥有威武的铠甲姿态,但却是位善良的14岁少年。

二人来到东部边境市镇里奥尔,在那里,他们目睹了称为太阳神雷特代理人的柯奈罗主教的奇迹之业

艾尔林克兄弟与....主教在雷特教会的秘密地下室为争夺贤者之石而决战，但就在这时候,听说主教有危险而前来的雷特信徒来到闯入干扰，艾尔林克兄弟逃到镇上,被深信柯奈罗的村民发现包围，被奇迹之技而唤醒的雷特神像打倒阿尔丰斯,爱德华被捕后再被带到柯奈罗面前

在旅途中经过的街角古书店里,爱德华和阿尔丰斯找到了錬金术的入门书，想起了以前用这书学习錬金术的时候,那时两个人还很小的时候,一起在利赞布鲁村生活的岁月，他们为了想看见妈妈的笑脸,为了这心情,竞争着修练錬金术...

艾尔林克兄弟为了成为国家錬金术,离开出生的故乡利赞布鲁展开旅程,在途中听说了有关錬金术师玛吉哈尔的传言，于是决定前往他所居住的村子，可是那村子却流传着死人接连出现袭击村民的谣言....

为了成为国家錬金术师,爱德华和阿尔丰斯向着中央进发，但在快要抵达时,却收到洛伊.马斯坦中佐的报告电话,突然命令他们坐上接着的列车，原来这列车上戴着与家人旅行中的哈克罗将军...

国家錬金术师资格试临近,在马斯·灰兹介绍下,爱德华和阿尔丰斯寄居于第一位成功做出生体錬成的"缀命之錬金术师"肖·塔卡家里，二人得到肖·塔卡和他的女儿尼娜以及他们的爱犬亚历山大的鼓励每天努力学习，接着到了考试当日,爱德华和阿尔丰斯挑战这次的国家錬金术师资格试...

爱德华12岁就成功通过了国家錬金术师资格试,成为有史以来最年少的錬金术师,并从马斯·灰兹那里收到象征着国家錬金术师的银色怀表，这除了象征着得到特权外,还意味着他正式成为军部的一员

在肖·塔卡的家举行了一个派对尼娜和亚历山大都玩得非常开心,可是,肖·塔卡却在为迫在眉睫的查定日而感到苦恼,走投无路...

爱德华因为自己未能拯救尼娜而后悔万分,痛恨自己的无能，洛伊.马斯坦中佐命令爱德华分析肖·塔卡留下来的研究成果，爱德华违反了这冷酷无情的命令,自己一人开始追查杀害尼娜的凶手...

感觉到自己的渺小和无能,为了达成自己的目的,爱德华决定成为『军队的走狗』国家錬金术师，就在这时候,爱德华收到洛伊.马斯坦中佐的第一个命令...

在回程向洛伊.马斯坦中佐报告的中途,爱德华二人在“水之都阿克洛亚”下了车，“水之都阿克洛亚”是有名的观光都市,据说最近出现了身份不明的怪盗赛壬，唯一得到的线索就是,这名怪盗也会使用錬金术，爱德华和阿尔丰斯受到当地的刑警委托协助调查...

听说了贤者之石的传闻,爱德华和阿尔丰斯来到金矿镇杰诺泰姆，往昔繁华的都市现在变得荒芜,镇上的人都把最后的希望寄托在马戈瓦尔研究的贤者之石身上，爱德华在那里发现了假冒的艾尔林克兄弟...

拉塞尔·特林汉姆和弗莱查·特林汉姆假借艾尔林克兄弟之名继续贤者之可的研究，拉塞尔受马戈瓦尔的命令,为了利用红水制造出贤者之石,实行了某种方法但他们无论怎样也不能实行这方法,因此被捕囚禁在地下监狱...

为完成作为国家錬金术师的调查报告,爱德华和阿尔丰斯来到了军队的东方司令部，爱德华向马斯坦大佐查问他在金矿镇杰诺泰姆听到有关蒂姆.马鲁克医生的传闻失败，于是爱德华想到了一个办法,他以蒂姆.马鲁克医生的情报作为赌注,跟马斯坦大佐进行模拟战斗...

元国家錬金术师?蒂姆.马鲁克医生在过去的伊斯巴尔内战中,从军队中逃跑出来，爱德华和阿尔丰斯为了寻找这位贤者之石的研究者来到海德村，爱德华想他交出从军队中拿出来的贤者之石的研究资料...

爱德华和阿尔丰斯被斯卡追赶得走投无路,幸好在千钧一发之际得到阿姆斯特朗的帮助，于是带着蒂姆.马鲁克医生逃脱。得知斯卡是伊斯巴尔人后,蒂姆.马鲁克医生回忆起当日的战争,伊斯巴尔内战的凄惨真实...

为了修理被斯卡破坏的机械铠甲,爱德华和阿尔丰斯决定回到利赞布鲁

从蒂姆.马鲁克医生那里秘密得来的留言里记载着贤者之石的研究资料存放的地点，那地点就是中央图书馆的第一分馆，爱德华和阿尔丰斯跟从这好不容易到手的线索再次出发...

爱德华和阿尔丰斯为了修理机械铠甲再次回到利赞布鲁

从把自己的家烧毁,踏上寻找贤者之可的旅程开始,再次回到故乡已经相隔了四年

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皮纳可和温莉一边说着难听的话,一边温暖的欢迎二人

爱德华和阿尔丰斯为了得到蒂姆.马鲁克医生遗留下来的贤者之石的资料--「马鲁克笔记」再次回到中央，可是,资料的存放地--中央图书馆第一分馆却因为火灾而消失了，根据目击者的供词,引起火灾的犯人就是欺卡...

为了取回失去的一切,艾尔林克兄弟一直不断的追寻贤者之可,但却发现那原来是要牺牲活人才能得到的东西

爱德华受到严重的打击,决心寻找马鲁克遗留下来的留言中那句「真相中的真相」的真正意思...

爱德华和阿尔丰斯发现了原来研究贤者之石的地点就是「第五研究所」，应该是废墟的「第五研究所」却隐藏着无数的陷阱，接着有两个黑影袭击爱德华和阿尔丰斯,原来他们是死囚48号和66号...

爱德华和48号死囚在「第五研究所」展开决战,为了得到贤者之石的情报,攻防战在继续着

另一方面,在研究所的中庭,阿尔丰斯和66号的战斗也开始了...

爱德华深入研究所内部,那里是以往为了把錬金术转为军事用途而进行大规模生体錬成的地方，研究所内放置了大量未完成的贤者之石和巨大的錬成阵，塔卡提议爱德华利用这些资料来完成贤者之石...

爱德华伤痕累累的在医院的病床朦胧中清醒过来

阿尔丰斯也以半坏的姿态被放置在房间的一角，虽然距离贤者之石只差一步，爱德华却因为自己未能踏出这步而内心受到折磨...

困惑的阿尔丰斯,怀疑自己的记忆和灵魂都是虚假的,于是从爱德华面前逃走，独自站立于街角的他，遇上了两位伊斯巴尔少年兄弟莱昂和利克，二人把阿尔丰斯带到伊斯巴尔人隐密的营地,在那里,阿尔丰斯再次遇上了意想不到的人...

爱德华和阿尔丰斯摸索不让大家面临危险而又能够恢复回状的方法，二人为了寻找这可能性以及跟师父见面,决定前往达布里斯，温莉与他们俩人同行前往途中经过机械铠的圣地拉什巴兰

另一方面,继续调查有关第5研究所和贤者之石的马斯·灰兹发现了某件事实,可是就在这时候...

爱德华和阿尔丰斯还有温莉来到机械铠的圣地拉什巴兰，温莉看到遍布街上的机械铠工厂兴奋非常

三人在拉什巴兰有名的机械铠Arm wrestling大赛上,遇见了双手和双脚都是机械铠造成的女孩帕尼尼亚...