彼时马腾为耿鄙麾下司马，在耿鄙死后接管了汉廷军队，但是他非但没有为耿鄙报仇，反而和叛军合流，也反叛了！

他聚合了王国、韩遂等人，联合了多支叛军，自己则成为叛军领袖，在中平六年（189）悍然进犯关中，攻打长安。

汉灵帝紧急调集皇甫嵩和董卓平叛，击退了马腾叛军，让马腾被迫退回陇西，这便是最初的凉州之乱。

这件事也促成了出身寒微的董卓崛起上位，同年汉灵帝病死，董卓显露出野心，奉何进之命进京，同时暗里派人勾连马腾韩遂修好，以为臂助。

双方约定，董卓进军雒阳，马腾韩遂攻打皇甫嵩，占据长安，两城即得，天下可得。

但马腾韩遂却不看好带着几千兵进入雒阳的董卓，在董卓走后按兵不动，想等着双方打得两败俱伤，再伺机而动。

结果让两人没想到，全天下人也没想到的是，董卓真就凭着几千人控制了雒阳，行废立之事，扶持汉献帝上位，成了最后的赢家！

但董卓此人倒也不计前嫌，他唆使吕布杀死丁原后，吞并了并州军，实力大增，再度派人要求马腾韩遂归附，马韩两人见董卓势大，便依附了董卓。

《后汉书董卓传》--（董）卓之入关，要韩遂、马腾共谋山东。遂、腾见天下方乱，亦欲倚卓起兵。

之后初平三年（192），董卓被杀，李傕郭汜重夺长安，两人掌权之后，延续了董卓的策略，招安了马腾韩遂，让其实控凉州。

《魏书董卓传》：是岁，韩遂、马腾等降，率众诣长安。以遂为镇西将军，遣还凉州，腾征西将军，屯郿。

马腾是扶风人，郿县地处扶风，所以马腾也算是衣锦还乡，至此马腾从汉吏到边地巨寇，再到汉廷边疆大员，重号将军，完成了大步跨越，走上了人生巅峰。

兴平元年（194）关中出现粮食危机，屯驻郿县的马腾向李傕求粮不获，心生怨恨，遂勾结在长安任职的左中郎将刘范等人，联手益州牧刘焉（刘范之父），攻打长安，这便是第二次凉州之乱。

李傕遣樊稠李利出战，大破马腾刘焉的联军，马腾韩遂败走，刘范等人被杀，刘焉闻讯发病猝死，益州大乱。

值得一提的是，当初李傕郭汜攻打长安时，也是因为刘焉手下的叟兵叛变，导致吕布败走，长安陷落。

刘焉此人，其实一直暗地里面谋划自立为帝，其所作所为也影响了汉末的天下大势，但如同袁绍一样，最后的胜利果实被别人拿走，最后人生落幕的时候，几乎没有获得任何好处。

之后樊稠追击马腾韩遂军的过程中，樊稠和韩遂停战，因此回到长安后受到李傕猜忌，觉得樊稠有了自立之意，所以找个机会将其杀害。

这个举动也引起了郭汜的警觉，开始和李傕相攻，导致长安战乱，百姓死伤无数，十室九空，这也是天子刘协离开长安东归雒阳的起因。

在在着一系列事件之后，李傕郭汜在司隶被曹操袁熙联军击败，李傕被杀，郭汜被段煨追杀回凉州，身家尽丧，被迫投靠了马腾韩遂。

马腾韩遂名义上接受了郭汜的投靠，吞并了郭汜的凉州军，便掉头过来攻打段煨。

马腾韩遂一贯的反复无常，他们长期割据边地，反抗东汉朝廷，本无忠义之心，其数次出兵攻打关中，目的乃是浑水摸鱼，觊觎帝位，与李傕郭汜等人并无二致。

从后世曹操找借口杀死马腾的举动来看，事情也不是马超反叛那么简单，怕是早就看明白了马腾品行下作，所以马腾之死若是全归结于马超，似乎也并不太公平，归根到底是马腾所作所为，便是连曹操都忍受不了。

而如今两边交战，也是在于段煨和马韩两人的立场不同。