朱由校之所以如此安排，就是看中了他与东林党的深仇大恨，从而避免东林党残余势力借助国子监这个储备官员平台，再次死灰复燃。

萧近高致仕后留下的太仆寺卿，朱由校选择了太仆寺少卿张至发，过去两年马政与马场管理得让朱由校比较满意，便选择了太仆寺少卿张至发接任。

朱由校这次的官员选择，以浙党、楚党与齐党的官员为主。

其中浙党有刑部尚书闵洪学、兵部右侍郎来斯行与礼部右侍郎韩敬，楚党的官员主要集中在户部与税部，有户部左侍郎杨鹤、税部尚书袁世振与右侍郎杨一鹏。

其中户部尚书毕懋良虽然被朱由校留在了户部，但因年龄偏大也留不了几年，加上他多年的户部工作经验，朱由校最终了留下了他。

而齐党的山东籍官员，则有刑部左侍郎赵秉忠与太仆寺卿张至发。

在二月初十廷推结束后的第三天，方从哲再次以病重的原由乞骸骨，这次朱由校准了，保留了方从哲太傅兼中级殿大学士官职称呼，同时还给了正一品的特进荣禄大夫文散阶，硬邦邦的正一品，而且三公还是仅次于太师的太傅，太师是准备在他死后追赠的。

所以，朱由校算是给了方从哲文官在世时最体面的致仕，而且在二月十五这天，朱由校还单独在琼华宫为他设宴饯行，此外，还让司礼监掌印刘时敏代表他跟其他文官一道为他饯别。

在百官为方从哲举行饯别后，内阁大学士也迎来了新的调整，原皇帝公开召毕自严与袁可立入阁的消息并没有发生意外，两人跟现在的孙承宗一样，都是少保兼东阁大学士。

至于原先两位在京城的内阁大学士，徐光启仍然是少保兼文渊阁大学士，而李长庚则是少傅兼建极殿大学士，意味着他成了继方从哲之后，隆武朝的第二任内阁首辅。